La plateforme Bioinformatique eBio (http://ebio.u-psud.fr/), créée en décembre 2009, est au centre du dispositif de bioinformatique de l’Université Paris-Sud. Elle est associée aux services de bioinformatiques de l’INRA Moulon, de l’hôpital Paul Brousse et de Gustave Roussy. eBio est labellisée par IBISA/Reseau National des Plateformes Bioinformatiques (RENABI) et membre de l’Alliance des Plateformes Bioinformatiques d’Ile de France (APLIBIO). Le site principal de eBio est localisé au bat 400 de l’Université Paris–Sud et intégré à l’I2BC (UMR9198, Gif sur Yvette).
Les missions d’eBio comprennent : (1) le soutien bioinformatique aux projets de recherche, (2) la mise à disposition de moyens de calcul et stockage, (3) le développement et la maintenance de serveurs web de bioinformatique et bases de données de génomique. La plateforme a accompagné ou hébergé plus de 50 projets de recherche depuis début 2010.
Les principaux domaines d’expertise de la plateforme sont les suivants :
– L’analyse de données RNA-seq, notamment la detection de transcrits non codants, transcrits alternatifs, l’analyse d’expression différentielle, le ribosome profiling
– L’analyse des structures d’ARN (alignement, structure secondaire)
– L’intégration de logiciels et de workflows d’analyse sous Galaxy
– L’assemblage des génomes de bactéries/champignons, la détection de variants
– La phylogénie moléculaire et l’analyse fonctionnelle par profil phylogénétique
– L’annotation des génomes de bactéries, archées et champignons (séquences CRISPR, terminateurs de transcription, ARN régulateurs, minisatellites)
– Le calcul distribué et sur cloud (déploiement de services d’analyse sur cluster et cloud académique)
