L’Institut du Cerveau et de la Moelle épinière (ICM), situé sur le site de l’Hôpital de la Pitié-Salpêtrière, constitue un pôle majeur de recherche fondamentale et clinique sur le système nerveux, où 650 chercheurs, ingénieurs et médecins couvrent l’ensemble des disciplines de la neurologie dans le but d’accélérer les découvertes sur le fonctionnement du cerveau, et les développements de traitements pour des maladies comme Alzheimer, Parkinson, la sclérose en plaques, ou l’épilepsie.
La plate-forme iCONICS développe et met en œuvre une expertise, des méthodes et des outils afin de répondre aux besoins de la recherche biomédicale en neurosciences : de l’annotation sémantique et la structuration informatique des informations, à la mise à disposition d’outils facilitant l’analyse et la visualisation des données à haut-débit, jusqu’à l’analyse statistique et intégrative de ces données.
L’expertise de la plate-forme iCONICS couvre ainsi les volets suivants :
standardisation, contrôle, annotation et référencement de données (« data management »)
développement et déploiement de bases de données et applicatifs pour la gestion et l’exploitation de données cliniques, omiques et imagerie
analyses de puces à ADN (génotypage, transcriptomique, méthylation)
analyses de données de séquençage à haut-débit (NGS) : variants (panels de gènes – capture, amplicons –, « whole-exome »), expression (ARN codants ou non codants – RNA-seq, single-cell, miR-seq), épigénomique (ouverture de la chromatine – ATAC-seq –, interactions protéines-ADN – ChIP-seq –, marques de méthylation – Bisulfite-seq)
analyses biostatistiques : support généraliste (tests, modèles, croisements de données), intégration de données hétérogènes et de grandes dimensions (typiquement données génétiques, omiques, cliniques et neuro-imagerie)
développement et mise à disposition de logiciels spécialisés avec interfaces graphiques (e.g. filtrage de données d’exomes, visualisation de données transcriptomiques, analyse intégrative de données multimodales)
Au-delà des maladies et modèles relatifs au système nerveux central, iCONICS propose son soutien à tout projet de recherche biomédicale visant à mieux comprendre les mécanismes biologiques sous-jacents aux pathologies humaines, depuis le dessin des études jusqu’au traitement, la visualisation et l’interprétation des résultats.
