Cette structure a été créée à l’initiative de l’INCa dans le cadre de sa participation à l' »International Cancer Genome Consortium » (ICGC).
Elle a trois missions :
1 collecter ou préparer puis valider les acides nucléiques (ADN normal, ADN tumoral, ARN tumoral,…) qui seront examinés avec les techniques de la génomique: puce de génotypage, puce d’expression, RNA-seq, DNA-‐eq en génomes complets et en éxomes),
2 assurer la liaison avec les centres de génomique (académiques ou privés) réalisant le séquençage haut-‐débit,
3 effectuer l’analyse des données de séquence transmises par ces centres de manière à en extraire l’information (variants somatiques et structuraux, nombre de copie, niveaux d’expression en RNA-‐seq) utile aux équipes biomédicales.
Pour remplir sa mission, la plateforme a développé une application Internet permettant d’assurer la gestion de grands projets multicentriques en toute transparence pour les collaborateurs. Elle a mis en place des procédures de contrôle qualité des échantillons à analyser. Elle dessine et automatise des pipelines d’analyse pour les données de génomique qu’elle reçoit.
