URGI

SIGNIFICATION

L’activité de recherche de l’URGI (intégration de données, annotation des répétitions, structure et dynamique des génomes) est étroitement liée aux 2 composantes de la plateforme (Système d’Information et analyse des génomes). D’une part, la plateforme bénéficie de l’expertise acquise coté recherche (analyse et développement d’outils), d’autre part elle offre un support solide à notre activité de recherche grâce aux ressources et aux compétences de son personnel (principalement des Ingénieurs).
 
Les domaines de compétence et d’expertise des agents de la plateforme sont axé principalement sur :
Le développement d’interface (Java J2EE)
Le développement de pipelines d’analyses (Python)
Les bases de données (PostgreSQL, MySQL)
Les technologies NoSQL (ElasticSearch, SolR)
L’intégration de données (ETL Talend) dans des domaines aussi variés que la génomique et la génétique (génome annotation, RNA-Seq, polymorphisme, génétique d’association, phénotype, ressources génétiques)
L’analyse des génomes (structure et dynamique)
    Analyse du polymorphisme (SNP, variants structuraux)
    RNA-Seq
    Annotation de gènes (structurale et fonctionnelle)
    Annotation des répétitions (spécifiquement les éléments transposables)

Thèmes associés :
AdjectifAdverbeApparenceassociationsCouleurExpressionfavorisFigures de StyleNomPériphraseVerbe

Vocabulaire Connexe :

  1. iCONICS : L’Institut du Cerveau et de la Moelle épinière (ICM), situé sur le site de l’Hôpital de la Pitié-Salpêtrière, constitue un pôle majeur de recherche fondamentale et clinique sur le système nerveux, où 650 chercheurs, ingénieurs et médecins couvrent...
  2. EBIO : La plateforme Bioinformatique eBio (http://ebio.u-psud.fr/), créée en décembre 2009, est au centre du dispositif de bioinformatique de l’Université Paris-Sud. Elle est associée aux services de bioinformatiques de l’INRA Moulon, de l’hôpital Paul Brousse et de Gustave...
  3. IGR : ● Bioanalyses Conception, définition de design expérimentaux en génomique (microarrays, NGS). Analyse de données génomiques (microarray et NGS) – Microarray : – Gene Expression (Agilent, Affymetrix) – CGH array – microRNA array – NGS (DNA-seq): –...
  4. ISfinder : ISfinder est le Centre International de Référence des Séquences d’Insertion (IS) Procaryotes, en co-tutelle entre le LMGM et l’Unité de Microbiologie Appliquée (Université Catholique de Louvain, Belgique). Les IS sont des éléments génétiques mobiles (EGM) de...
  5. MIGALE : La plate-forme MIGALE a une interaction privilégiée avec l’équipe StatInfOmics de l ‘unité MaIAGE à qui elle fournit un support logistique important. Les compétences de cette équipe sont les statistiques appliquées à l’analyse des données « omiques...
  6. Institut Curie : The expertise of the platform is versatile on many aspects of high-throughput data management, processing, integration and statistical and functional analysis in biology and in clinics. Many data types are treated: Microarrays: expression, copy number, SNP,...
  7. INCa-SLC : Cette structure a été créée à l’initiative de l’INCa dans le cadre de sa participation à l' »International  Cancer Genome Consortium » (ICGC).   Elle a trois missions : 1 collecter ou préparer puis valider les acides nucléiques (ADN...
  8. CBiB : L’objectif du Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB) est de concevoir, mettre en œuvre et fournir l’accès aux services d’analyse de données biologiques adaptés à une production à haut débit (ex., génomique, protéomique, métabolomique, etc.). Cette...
  9. GenAtlas : GENATLAS, http//:www.genatlas.org                                                                                 GENATLAS est une base de données sur les gènes et les maladies, créée en 1986 et depuis  constamment mise à jour ; elle met à disposition de la communauté scientifique et médicale internationale des...
  10. Genotoul-bioinfo : Les domaines d’expertise de la plateforme GenoToul bioinfo sont : le traitement des données issues du séquençage haut débit : assemblage, annotation, analyse d’expression (RNAseq, RNAseq de novo, sRNAseq), métagénomique, analyse de variants, méthylSeq. l’analyse bioinformatique des ARNnc...