Les thématiques de recherche du PRABI-Doua s’organisent autour d’un point de vue méthodologique, qui affirme l’importance de la modélisation tant mathématique qu’informatique et d’une perspective évolutive qui organise les recherches indépendamment du niveau d’organisation biologique. C’est dans la synergie entre des problématiques biologiques propres et des développements méthodologiques que naît
La plateforme fait apparaître une forte expertise en génomique, épigénomique et métagénomique. Les modèles biologiques sont variés (micro-organismes, plantes, animaux) donnant un caractère généraliste à de nombreux outils. Cette plate-forme fait suite à une structuration des laboratoires de l’Université Clermont Auvergne faisant de la recherche dans ce domaine : GDEC (http://www6.clermont.inra.fr/umr1095/)
Le PRABI-Gerland localisé à l’IBCP développe les bases de données dans le domaine infectieux, les méthodes de prédiction et d’optimisation des structures 3D de protéines ainsi que les outils et services s’y rapportant. Dans le domaine des services la spécificité de la PF est la bioinformatique structurale (Modélisation moléculaire, prédiction
Expertise dans le domaine des maladies rares de la recherche au traitement : Design et analyse des expériences de séquençage (WES, WGS, RNAseq, CHIPseq) Recherche de nouveaux gènes par analyses familiales Analyse des données Création et hébergement de bases de données de patients et de mutations Expertise dans le domaine
Computational biology for MS-based proteomics (basic science and biomedical research) and metagenomics (environment, ecology and evolution)
Les domaines d’expertise de la plateforme GenoToul bioinfo sont : le traitement des données issues du séquençage haut débit : assemblage, annotation, analyse d’expression (RNAseq, RNAseq de novo, sRNAseq), métagénomique, analyse de variants, méthylSeq. l’analyse bioinformatique des ARNnc : annotation, prédiction, recherche de cibles, chez les archae, les bactéries, les plantes et les
ISfinder est le Centre International de Référence des Séquences d’Insertion (IS) Procaryotes, en co-tutelle entre le LMGM et l’Unité de Microbiologie Appliquée (Université Catholique de Louvain, Belgique). Les IS sont des éléments génétiques mobiles (EGM) de petite taille qui codent essentiellement pour les fonctions nécessaires à leur transposition. Les transposases
Analyse de données issues des technologies à haut débit : séqueçage et génotypage. Développement de logiciel. Bases de données
Recherche, identification, classement en familles/sous-familles, des enzymes d’assemblage et déconstruction des sucres complexes dans les données génomiques et métagénomique et interprétation des résultats (relations séquence:structure:fonction). Applications dans le domaine médical (microbiote intestinal), agroalimentaire (rumen, enzymes pour la modification des polysaccharides alimentaires), environnemental (échantillons provenant de sols, de milieux marins, etc),
Génomique procaryote et virale. Transcriptomique. Métagénomique. Protéomique. Biologie Structurale (EM and X-ray crystallography)
The South Green platform is a local network of scientists gathering Bioinformatics skills based on the Agropolis campus that hosts research institutes such as CIRAD, IRD, INRA, SupAgro, Bioversity international as well as the CGIAR consortium. Based on this strong local community in the field of agriculture, food, biodiversity and
The expertise of the TAGC-BCF s’articulent autour de la génomique et la bioinformatique appliquées à l’étude des pathologies. Notre approche est multidisciplinaire et s’appuie sur la biologie des systèmes. Nos domaines d’expertise sont notamment: l’analyse de données de séquencage haut débit: recherche et analyse de régions régulatrices recherche de variants génétiques
L’activité de recherche de l’URGI (intégration de données, annotation des répétitions, structure et dynamique des génomes) est étroitement liée aux 2 composantes de la plateforme (Système d’Information et analyse des génomes). D’une part, la plateforme bénéficie de l’expertise acquise coté recherche (analyse et développement d’outils), d’autre part elle offre un
Le domaine d’expertise d’Orphanet est celui des maladies rares dans leurs aspects médicaux (histoire naturelle, diagnostic et prise en charge), épidémiologiques (prévalence, incidence, prévalence à la naissance, distribution géographique et par âge d’apparition et de décès), génétiques (déterminants génétiques de causalité, de susceptibilité), phénotypiques (fréquence d’occurrence des présentations phénotypiques des
L’Institut du Cerveau et de la Moelle épinière (ICM), situé sur le site de l’Hôpital de la Pitié-Salpêtrière, constitue un pôle majeur de recherche fondamentale et clinique sur le système nerveux, où 650 chercheurs, ingénieurs et médecins couvrent l’ensemble des disciplines de la neurologie dans le but d’accélérer les découvertes sur le
ARTBIO redéfinit les soins du cancer en développant une nouvelle classe de thérapies par radioligands alpha (ART) et en construisant l’écosystème qui maximise leur potentiel.
La plateforme Bioinformatique eBio (http://ebio.u-psud.fr/), créée en décembre 2009, est au centre du dispositif de bioinformatique de l’Université Paris-Sud. Elle est associée aux services de bioinformatiques de l’INRA Moulon, de l’hôpital Paul Brousse et de Gustave Roussy. eBio est labellisée par IBISA/Reseau National des Plateformes Bioinformatiques (RENABI) et membre de
The expertise of the platform is versatile on many aspects of high-throughput data management, processing, integration and statistical and functional analysis in biology and in clinics. Many data types are treated: Microarrays: expression, copy number, SNP, ChIP NanoString NGS: Exome-seq, targeted-seq, WGS, RNA-seq, smallRNA-seq, 5C, HiC, ChIP-seq … RPPA, Mass
